Comencemos con las opiniones que pides.
El DVD de Pioneer, estupendo.
El ampli de Yamaha, soberbio.
Respecto a las cajas no las conozco.

Respecto a los problemas que indicas, como ya te han indicado, se deben a la configuracion del ampli. El modelo 650 incluye el microfono para autoconfiguracion del sistema, asi que prueba a hacerlo.

De todas formas, independientemente de la configuracion, puedes especificar y modifificar con el mando a distancia si lo que estas escuchando en ese momento lo quieres oir en 5.1 canales, solo en estereo, o si quieres activar o no alguno de los DSP que incluye.

Pero en principio prueba a conectar el micro, colocarlo en el punto de escucha y dejale que realice la autoconfiguracion hasta termine.

Un saludo.