Existe un oficio, por el que incluso la gente gana oscars, que se llama montador de sonido, y basicamente hace esto
Ovbiamente las peliculas no se graban con un solo microfono, se hace con varios, y las escenas no son como las vemos si no que se graban en varias partes y luego se montan, y con el sonido lo mismo.
Realmente en los rodajes solo se graba el dialogo, la mayoria de efectos de sonido son colocados en la sala de montaje, y ahi se decide por que canal va cada sonido.
Ahora con dolby atmos se puede manejar el sonido por objetos en lugar de por caneles, y que los objetos se vayan moviendo en un espacio de audio tridimensional, todo eso se hace con complejos algoritmos y super ordenadores