Para el tema de las alineaciones, yo te recomiendo lo siguiente.
Si buscas en google programas que alinen particiones te saldra alguno, pero los buenos creo que son de pago. Programas para particionar discos duros hay muchos, pero tienen que soportar particionse de linux.
En linux existe un programa de particiones, con el que se puede arregar el asunto. Se llama Gparted. Si no tienes linux, te puedes bajar una ISO de un CD de autoarranque. Al final es por el que me decidi.
GParted -- About
1) Si hay algo en el disco duro que quieras guardar, guardalo.
2) Formatear el disco duro, desde el ASUS.
3) Arrancar el ordenador con el disco de arranque.
4) Conectar Asus al PC, por USB.
5) Ejecutar Gparted (previamente, leer un poco la ayda que hay en la propia pagina web de cómo usarlo.
6) Ver como están distribuidas las particiones.
7) Mover/ajustar las particiones grandes puede llevar Muchas horas, por lo que casi es mejor, eliminar la particion y luego volver a crearla.
8) La particion NTFS, es la más grande y donde se almacenan todos los archivos multimedia.
Mi recomendación, es eliminarla, y volver a crearla. Que sea un poco más pequeña que antes, para luego poder ajustar/mover las siguientes particiones.
9) con el resto de particiones, se puede mover sin problemas, porque no tarda mucho en hacerlas.
10) La particiones que es desconocida, creo recordar, que no la toque porque el propio Gparted no la soporta.
En principio ya esta.
Disk alignment, es una utilidad que te dice si las particiones de los discos duros están bien o no. Las comprobaciones atraves de USB no son 100% seguras, pero si lo comprouebas antes y despues de alinearlas, veras que el resultado ha cambiado.
Disk Alignment Test - Download
Con un poco de suerte, te deberia funcionar mejor de lo que lo hacia antes. Con esto, desgraciadamente, no se solucionan todos los problemas, pero al menos funciona mejor.
Antes de ponerte a copiar archivos como loco, prueba a encender y apagar el equipo unas cuantas veces, para ver si se sigue colgando como antes, o es menos frecuente.
Un saludo y suerte.