Pero has hecho un ajuste de nuevo con el Audissey o no?
Si quieres, mantén presionado VCR/DVR y aprieta ON/Standby. Eso reseteará el receptor y seguro que le devuelve salida a 0dB al sub en caso de que tocaras algo y lo desconfiguararas. Todos volverá a 0, eso sí, los niveles, retardos, etc. Tendrás que reconfiguar por donde le entras el HDMI de la Play,... todo vamos.
Si sigue sonando muy flojo el sub (pon modelo exacto) o sin graves, deberías probarlo por separado, por ejemplo con la salida analógica (L o R) de un CD/DVD/BD a ver si es el que no tira.