Voy por mi segundo macmini (un server i7 actualmente), y no está exento de problemas.
El primero, que hace ruido desde que tiene que hacer muchas cosas, por el ventilador. El base hace menos que el server, porque tiene más espacio libre y genera menos calor.
El segundo problema es ciertas peculiaridades con el HDMI, que desconecta el audio y lo envía a los altavoces internos (depende mucho del ampli que tengas).
El tercero son ciertas dudas sobre el manejo de los audios HD, más por problemas de soft que de hardware.
El cuarto es que no consigues siempre ver los MKVs o los ISO de BD, depende de varias cosas.
Respecto a los 3D, no tengo ni idea. Supongo que no tiene ningún problema.
Como ordenador es una virguería sin igual, si lo vas a usar como tal. Yo lo tengo por ejemplo, para hacerme de server para un Apple TV, y tengo el JDownloader abierto, y es el ordenador perfecto para recodificar video mientras no esté en uso. Pero como media center, actualmente, probablemente funcione mejor con Windows7 y WMC, etc, porque entonces tienes menos limitaciones (como poderle conectar directamente un BD externo, etc) tanto en video como en audio HD.
Un reproductor multimedia tipo Boxee Box o Dune, por otra parte, te leen casi todos los formatos legales e ilegales, y salen más baratos.
Si las descargas las vas a hacer en otro sitio, me compraría estos que te he puesto. Si el macmini lo vas a tener como gestor de descargas además de mediacenter, entonces lo compraría, pero más el base que el server que tengo yo. Todo lo más el que tiene la gráfica dedicada, que tampoco es imprescindible para 1080p.