Tal como yo lo entendí, Weller usa a Khan con la intención de conseguir su objetivo. Pero Khan se le escapa de las manos. Le da los cohetes a Kirk porque así Khan querrá rescatar a sus compañeros lo que le complica sus propios intereses.
Recuerda que Weller le dice a Kirk, que no quiere prisioneros, solo que lo destruya. De esta forma al lanzar los torpedos, acaba con Khan y sus hombres de Khan.
Khan va a la zona Klingon, por lo mismo que McCoy está en el Enterprise...accidente.

Bueno en realidad, la lógica de Khan le hace ira a una zona en la que nadie se aventura sin permiso dado el caracter violento Klingon. Recuerda que la entrada en la zona de una nave de la Federación es considerada siempre un ataque. Así que para piratas, delincuentes y otros perseguidos es como pasar la frontera mexicana.
En realidad hoy podemos hacer la traducción de Mexico/Klingon y mexicanos/klingons...si alguien huye en USA, se va a Mexico.
Pero estas cosas son menores, pertenecen al MacGuffin, solo justifican la trama. Lo que de verdad interesa son las relaciones entre los personajes y el pulso entre Kirk,Khan y Spock