Parece que tu equipo tiene puerto HDMI. Si es HDMI 1.4 puede reproducir cualquier 3D (incluso la FULL3D) pero si es HDMI 1.3 sólo la 3D SBS...... En SBS deberías encontrar abundancia de cosas.
En función del tipo de HDMI que uses, deberás descargar los vídeos.
Por otro lado dicen en la web del fabricante que reconoce casi todos los formatos de vídeos. Pero eso no impide que no pueda reproducir algunos o muchos vídeos. Todo es cuestión del códec que usen con el MKV en cuestión. Hay programas varios para ver en un PC el códec concreto que usa un MKV (o AVI o lo que sea). No recuerdo ahora el nombre de ninguno, yo miro en VLC y me apaño. Si ves que todos tus vídeos usan el mismo códec, pues ese es el misterio de que no los reconozca tu equipo. Prueba a usar otros archivos con otros códecs, y buscar en internet si se dice algo al respecto de tu equipo.
Por último no se trata de reducir el tamaño de los vídeos.
Cuanto más grandes, mejor se verán en tu flamante tele. No te has comprado una tele de esas para usar archivos pequeños, y si los vídeos 3D que bajas son FULL3D, y encima de calidad, pues grandes tienen que ser obligatoriamente. Probablemente estarás usando vídeos 1080p y esos son grandes.
Prueba en principio con los 3D SBS, que algo más pequeños serán y algo más encontrarás..... quiero decir que al haber más en el "mar", más códecs y más variación habrá y por tanto más fácil que alguno funcione bien en tu equipo.