En su momento -ya hace mucho tiempo de esto- me planteé la misma cuestión que ahora expones, compañero.
Baste decir que a partir de ese planteamiento, acabé por poner un Ultracurve y "atacar" la cuestión de Windows y sus "cosillas" con varios temas que surgieron a partir de la búsquedas de respuestas en relación al uso de Windows y el Audio.
Te lo menciono por si en algún momento te apetece investigar cosas como Wasapi/Asio, Reproductores (con y sin ecualización), Fidelizer, los efectos de la "Loudness War" y el manejo de dinámica mediante el Replay/Gain y tantas otras cosas.
Te pongo un enlace donde se mencionan; Tutorial para configurar un Windows audiófilo.
Sin embargo, para el caso de que te pongas a leerlo, no tomes lo que ahí se dice sin la correspondiente ponderación, porque hay errores en el planteamiento del autor que son comentados posteriormente.
Yendo más directamente a lo que comentas, ten presente que toda aplicación que funcione bajo Windows está mediatizada y condicionada por el software y el hardware usados, tanto por entorno y drivers como por tarjetas y su integración en el sistema. Lo cual no quiere decir que no sea factible su uso, sino que hay que manejar muchas más variables que la propia intención de ecualizar (cosa que, obviamente, no se produce con un aparato externo dedicado, el cual ya plantea ciertos desafíos, como es el UC)
Saludos!