Yo alguna vez he convertido videos, pero no recuerdo exactamente con que programa, la última vez creo que era el total video converter.
La cuestión es que la conversión de video es una tarea muy pesada, y si el procesador que tienes no es muy potente es normal que tarde mucho, y además si el programa no está optimizado para multinúceo, mucho peor.
¿Que procesador usas?
Un saludo