Hola tocinillo.
Normalmente los equipos se conectan de la siguiente manera:
HTPC (Por hdmi)->AVR(salidas pre-out)->ecualizador o ecualizadores (por regla general solo los veras de 2 canales) -> amplificador (monocanal, estereo o multicanal) -> altavoces.
Lo que tú quieres hacer es conectar el ecualizador antes del AVR para un 5.1. Pero eso solo te funcionaria (y no es del todo seguro que funcionase por temas de impedancias y niveles de tensión entre el EC y el AVR) para 2 canales.
Para una ecualización externa necesitarías un AVR con pre-outs y un ampli para los altavoces.
Dado que tu AVR no tiene pre-outs (corrígeme si me equivoco) no podrías hacerlo. Pero puedes probar con una ecualización por software por el momento.
Equalizer APO esta muy bien y puedes ecualizar todos los canales por separado importando filtros de REW
Te dejo la documentacion:
http://sourceforge.net/p/equalizerap...Documentation/
Lo único que todo el sonido se administraría desde el PC.
Un saludo.