Yo probaría a poner la ruleta del sub a la mitad y a subir la ganancia en el AV, de esta manera creo que el encendido y apagado automático del sub te funcionará mejor.
Con respecto a tapar el bass reflex, yo no lo tengo tapado y tengo los altavoces a unos 10-20 cm de la pared y me gusta bastante como suenan así. Supongo que es cuestión de gustos eso.
Saludos.