Hola compañero,
Así como primera impresión me viene a la cabeza que el overscan/underscan no esté bien ajustado en el HTPC, o sea, que se te salga la imagen ligeramente por los bordes de la pantalla o bien tengas franjas negras en los bordes de la tele.
Esto podría hacer que la imagen al generarse a partir de la 2D tuviese ese "desfase".
Saludos