Tengo el mismo problema con un HTPC con procesador Intel I3 y un proyector Optoma.
Creía que era por la gráfica integrada (una HD2000 creo), por lo que me compré una gráfica AMD 6450, que pensaba que iba a solucionar el problema, pero no, los SBS arriba/abajo se siguen viendo mal.
Como dicen en otras entradas esto pasa si el que hace la conversión es el proyector/TV, si ejecutas el mismo SBS con el powerDVD, se ve bien.
He probado también con otro HTPC, esta vez un AMD A-4 3400 y no tengo ningún problema se ve bien los SBS arriba/abajo ,si la conversión la hace el proyector.
No entiendo cual es la diferencia entre uno y otro HTPC, los dos montan gráficas AMD 6400 uno externa y el otro integrada en el micro.