Actualizo el primer post con las medidas con y sin Audyssey, así como con las escalas que comentábais.
Parece que así ya no sale tan bonito

. He probado a variar la fase de 0 a 180º pero el valle ese sobre los 40Hz no varía nada, creo que podría ser por la colocación o algo así, con el Canton me pasaba lo mismo sobre esas frecuencias, aunque más acusado.
Polk PSW125:
Canton Sub CX60:
¿Creéis que puede ser por la colocación del sub? Ahora mismo está relativamente encajonado entre un sofá y un mueble.

(Foto hecha con el Papercamera porque el móvil no me dejaba con la cámara normal, pero os podéis hacer una idea)
Tengo la sospecha de que Audyssey se puede estar liando con la ecualización, ya que los dos fontales (Magnat Supreme 200) me los deja como Large y los corta a 40Hz (luego yo los modifico a Small y 60Hz, quizá intente equilibrar el sub con los otros o algo así).
Gracias