Hola okinawa,
Por lo que comentas de la caja quizás se adaptaría a tus necesidades la Silverstone ML04, aunque por supuesto la Zalman que has puesto es preciosa. Con la ML04 puedes poner un dock station como el que has puesto o incluso como este: ENLACE, permitiéndote tener un disco de 2,5" y otro de 3,5" extraibles y además dentro de la caja podrías poner otros dos de 3,5" fijos. Eso sí, no podrías poner unidad óptica.
Del procesador/APU, si los juegos te dan igual un i3 es la mejor opción, e incluso un G3220 si no te importar renunciar a la compatibilidad con BD3D.
Para tener la puerta abierta a los juegos mi recomendación sería un AMD A8 6500 con TDP de 65w, tienes similares prestaciones para HTPC pero potencia para echar algunos juegos con un nivel de exigencia "no gamer".
Cualquiera de estos procesadores te cumpliría sin problemas con lo que comentas de: "Reproducción de video (MKV´s, contenido 3d… de 10GB en adelante)".
En la sintonizadora de TDT últimamente es muy complicado encontrar una interna a buen precio, pero hace poco ha aparecido stock de una Zaapa que está muy bien de precio y puede dar buen resultado (de hecho yo tengo una aquí pendiente de montar): ENLACE, el problemilla que tiene es que no trae adaptador de bajo perfil, por lo que para este tipo de cajas (como la ML04) tendrías que cortar la chapita y adaptarla para que cupiese la tarjeta en la caja.
Otra opción de más calidad y además doble sintonizador sería la Hauppauge: ENLACE
Para el Wifi, como quieres algo interno, te puedo recomendar esta que he montado bastante y va bien: ENLACE. Esta tarjeta trae adaptador para colocarla en una caja de bajo perfil sin tener ningún problema.
Para la fuente, desde luego la Be Quiet Pure Power L8 de 300w, fabricada por FSP, es en mi opinión la mejor opción a día de hoy si buscamos una fuente ATX: ENLACE.
En cuanto al SSD, si quieres saber mi opinión: ENLACE.
La refrigeración líquida está bien si tienes un PC muy overclockeado que genera mucho calor, pero para un PC más normal y no digamos un HTPC no lo veo interesante. Un HTPC puede (debe en mi opinión) tener un consumo contenido, y podemos refrigerarlo por aire de manera totalmente silenciosa si diseñamos bien el equipo. Si montas líquida muy posiblemente te gastes un dineral, el montaje es mucho más engorroso y acabarás oyendo la bomba de agua
Existen muchos disipadores de calidad en marcas como Noctua, Be Quiet, Enermax, o Scythe, que tiene una buena relación calidad/precio, aquí puedes ver un análisis de los disipadores para HTPC más conocidos de esta marca: ENLACE, la cosa es montar el más grande que quepa en la caja, lo cual suele hacer que enfrie igual o mejor con un menor flujo de aire. Ésto se traduce en menor ruido (Siempre sin llegar al extremo de montar una CPU de 35w con un disipador enorme, lo cual tampoco tendría sentido).
Para la Silvestone ML04 te recomiendo el disipador Big Shuriken 2: ENLACE, yo lo que hago es modificar la caja y ponerle un ventilador más silencioso y de más calidad al disipador, uno de 14cm, de forma que queda a ras de la chapa superior; pero con la modificación pongo un filtro de forma que el aire caliente del disipador sale directamente de la caja. De esta forma se pueden poner APUs de hasta 95" manteniendo buenas temperaturas y silencio.
Pero si no quieres o no puedes hacer la modificación, puedes dejar el ventilador que trae el disipador, que aunque hace un leve ruido quedaría por debajo del ruido del disco mecánico, y si montas una APU de 54w de Intel o incluso una de 65w de AMD no tendrías problemas. En ese caso, eso sí, te recomendaría poner un ventilador de caja de 8cm si quieres reforzar el flujo de aire de la caja, para esto tienes los Enermax T.B. Silence: ENLACE. Una vez regulados o puestos a 5v son casi inaudibles.
Un saludo