Si todo va por HDMI, no veo problema de ver 3D por gráfica PC... aunque yo prefiero un Bluray 3D dedicado solo a eso (para reducir consumo de energía) además que en el mismo televisor (por usb) puedes reproducir archivos 3D Stereoscopic.
Respecto a la calibración, lee este Tutorial:
06 Calibra Tu Pantalla | Calibración HD
Bajate los patrones AVSHD709 y sigue esos pasos de calibración.
Éxitos.