El tema es que un NAS ya tiene el software para la gestión remota del equipo, aplicaciones para teléfonos y tablets y otras cosas muy molonas con las que puedes acceder al contenido desde cualquier lugar y desde prácticamente cualquier dispositivo. Vale que también puedes comprarte un PC silencioso y montar tu NAS, pero claro ahí ya te tienes que liar tu.
Otra cosa es que para mi un NAS significa almacenamiento masivo de media (fotos, vídeos, etc.) accesible desde cualquier punto y eso, a menos que tengas muuuucho presupuesto, implica discos duros "de los de toda la vida", de esos que giran y hacen ruido. Al igual que tú, me monté un HTPC + NAS, por ello equipé la máquina con discos duros normales, aparte del SSD para sistema. Pues estos discos de 3.5" a pesar de ser a bajas revoluciones generan una vibración no deseada, no digo que sea molesta pero si no estuviera sería mejor. Un NAS tiene la ventaja de que lo puedes ubicar en cualquier lugar de casa mientras tenga cable de red, pero el HTPC para enviar la señal a la TV o a tu receptor AV no puede estar muy lejos.
Te podrías montar un NAS con un equipo bastante pasivo (todo menos discos a menos que vayas $obrado y pongas SSD) y usando software especialmente desarrollado para ello, como freeNAS, pero debes hacer tú mismo el trabajo que hacen algunas empresas potentes que desarrollan ese software para sus sistemas NAS (como Synology ó Qnap) y lo van actualizando y mejorando.
Yo creo que el tema no es excluyente, vamos, que si pudiera, yo tendría un NAS con sus discos tochos (ya fuera comprado hecho o "montado" a mano) y un HTPC 100% pasivo o muuuy silencioso con un solo disco SSD al lado de la tele.
Pero claro, a veces hay que apretarse y comprar sólo un "cacharro" que lo haga todo.