Hola,
Esas configuraciones Dolby Pro-Logic II o Neo:6 son emulaciones para pasar sonido de 2.0 a 5.1. Es decir, el Onkyo recibe sonido stereo y "se saca de la manga" sonido 5.1 a los altavoces.
Si tienes una fuente de audio original 5.1 (por ejemplo un DVD) el resultado siempre será mejor configurandolo como 5.1 directo que pasarlo como 2.0 y hacer esa emulación de 5.1....
Si tienes una fuente 2.0 entonces ya dependerá de tus gustos.
Saludos