Hola, es raro lo que te pasa yo tengo tanto PLEX como KODI tirando de la misma fuente para pelis y series y no tengo problemas.
Aunque imagino que lo tendrás así mi organización es:
Series
Penny Dreadful
Temporada 1
1x01 Penny Dreadful
1x02 Penny Dreadful
...
1x0n Penny Dreadful
Temporada 2
2x01 Penny Dreadful
2x02 Penny Dreadful
...
2x0n Penny Dreadful
Con esta organización nunca he tenido problemas en KODI y llevo mucho tiempo usándolo. Ahora me estoy pasando a PLEX porque me he pasado a tele Sony con Android TV y funciona (para mi gusto) mejor esta app en Android TV que KODI.
Espero que te sirva.