Lo normal en subwoofers down-fire (que apuntan al suelo) es invertir la fase estando en la escena frontal. Lo mejor sería buscar un punto intermedio entre 0 y 180 (45, 90...) si tienes esa posibilidad. Si solo puedes seleccionar 0 o 180, ponlo en 180.
Seleccionando la fase óptima evitarás cancelaciones o realces en frecuencias. Lo ideal sería reproducir una secuencia de frecuencias graves y comprobar si se cancela o realza alguna de forma importante, vas cambiando fases y comprobando. Elige la que mejor respuesta te de.
Saludos