Hola, cuando transmites audio por bluetooth se recodifica de nuevo independientemente de que la fuente sea flac o mp3. Bluetooth soporta diferentes codecs de audio para transmitir el sonido en 2 canales usando el perfil A2DP, copio y pego de la wiki:
It includes mandatory support for the low-complexity SBC codec (not to be confused with Bluetooth's voice-signal codecs such as CVSDM), and supports optionally MPEG-1 Part 3/MPEG-2 Part 3 (MP2 and MP3), MPEG-2 Part 7/MPEG-4 Part 3 (AAC and HE-AAC), and ATRAC, and is extensible to support manufacturer-defined codecs, such as aptX.[3]
En resumen, no, no se puede sin pérdidas, con la notable excepción de aptX Lossless, que dudo mucho que esté muy soportado, en general, el audio bluetooth persigue más la comodidad (altavoces mono inalámbricos con audio desde el móvil) que la fidelidad.