Buenas unsur.
La ruleta de frequency es para que elijas dónde quieres que corte el SW y que sonidos no quieres que reproduzca, cuanto más de acerque a 50Hz más subirá y más frecuencias reproducirá (creo que es así).
El volumen creo que sobra explicarlo, es el volumen independiente del SW.
El Phase es para desfasar el SW respecto del resto. Si quieres que vaya sincronizado con el AVR debe estar en 0°, si por el contrario quieres que sean los altavoces los que empujen al Sub y vaya desfasado con estos tiene que estar en 180°. Prueba a ver cómo va mejor en tu configuración.
El bass pues depende de lo que se vaya a reproducir se pone en uno u otro.
Los RCA con colocar 1 sólo en el LFE sería suficiente y probablemente lo más adecuado, pero también podría ir en el R y L, muchas opiniones diferentes.
Espero haberte ayudado, a ver si alguien puede aclarar o ampliar alguna cosa más.
Un saludo!