Lo primero que suele causar esos parpadeos es por la calidad del cable HDMI, si tienes más de uno, prueba con otro, compra uno de la mayor especificación actual, creo que van por el HDMI 2.2.
Esto te aplica al cable que va del Apple TV hasta el receptor, como el que va del receptor a la tele.
El reescalado también se puede dejar desactivado para descartar que sea el problema.