Hola malaca72.
Creo que el problema está en el reproductor de vídeo que utilizas en el htpc.
Los BD REMUX y los mkv a 1080p los reproduce bien a 24 frames/segundo. Sin embargo las series a 720, como es tv pueden estar a 25 o 30 frames/segundo. Y seguramente no tienes activado el cambio de hz automático.
Es mi opinión, que puede estar equivocada.
Pásale el mediainfo a las series y comprueba si están a 25 o 30 hz.
Salu2.