En modo Direct no te queda más remedio que ponerlo en LFE+Main si quieres que suene el sub (porque pone automáticamente los altavoces en Large).
En modo estéreo (con Audyssey) si los altavoces están en Large para que suene el sub también tienes que ponerlo en LFE+Main (pero esta configuración no es correcta ya que Audyssey no está diseñado para trabajar de esta forma).
Si están en Small (como deberían estar), entonces Audyssey realizaría correctamente el trabajo.
Como puedes ver hay 3 posibilidades pero la que debería sonar mejor es la última.