Con MKVMerge te generará otro archivo igual, e incluirá el audio que tú quieres meterle, pero siempre será otro archivo nuevo. Puedes intentar ponerle en el nombre de salida el mismo nombre que el original, a ver si lo sobreescribe y hace lo que tu pides, pero si algo va mal te puedes cargar el archivo original y te tocará descargarlo de nuevo.