Hola Leo,
el Onkyo C-7070, el reproductor de CD, parece un dispositivo de reproducción de una gama notable, valorado en unos 600€/unidad y con un excelente DAC incorporado. El Yamaha AS501, el amplificador integrado, también incorpora un DAC, probablemente de menor calidad que el del reproductor de CD.
Si tuviera que elegir que DAC usar, usaría el del reproductor de CD que me parece mejor (no se si será significativo, pero es más caro el reproductor de CD que el integrado). Por tanto para sea el DAC del CD el que realice el trabajo debería usar las salidas analógicas del CD. Doy por supuesto que luego el amplificador integrado no digitaliza sus entras analógicas, no tendría mucho sentido, aunque tampoco se a ciencia cierta como está implementado.
Si conectas el reproductor de CD al amplificador por una salida digital, el DAC que estaría funcionando es el del Yamaha, que parece de menor calidad, que no quiere decir que sea malo. Es más, probablemente a la hora de la verdad no seas capaz de distinguir un DAC del otro.
En resumen: Prueba ambas configuraciones y si alguna de las dos te gusta más, te quedas con ella. Si no, en caso de duda, deja trabajar al DAC de Onkyo, que para eso lo has pagado
P.D.: Otra razón, quizá chorra o no, para conectar el CD al integrado por digital, es que vas a usar un cable en lugar de dos.