Sinceramente, dudo que se pueda hacer eso que pretendes. Una cosa es leer el pendrive desde otro dispositivo, pero tratar de modificar su contenido remotamente me parece demasiado.
Yo lo que hago a veces para no castigar la conexión del AVR conectando y desconectando la memoria es, tener un pequeño cable alargador USB permanentemente conectado al AVR, y así no sufre la conexión.
Se que no es muy estético, pero es buena opción.