Si no está equilibrado de derecha a izquierda, tendrá que ser algo relacionado con el balance, ya que al ser monitores activos el ampli no aplica ganancia ni debería alterar la señal. Revisa la config del ampli/iPad por si tuvieras algo de balance modificado.
De todas maneras, ocurre lo mismo si la fuente de sonido es otra (hdmi, bluetooth...)?