Tienes que asegurarte que en el AVR los altavoces estén en Small o pequeño, con el crossover correspondiente. Mide cada uno por separado, primero L y después R (ya va a incluir el sub en cada uno). Si quisieras medir sin sub entonces pondrías en el AVR los altavoces en Large o Grande (y el sub en modo LFE).
Si instalas el programa ASIO4ALL podrás medir todos los canales no sólo L y R.