Igual no he entendido bien la pregunta. Por qué no pruebas con algún programa de edición de video del tipo Pinnacle studio, 9 ó 10. Estos cortan al fotograma de forma perfecta, al menos con la experiencia que yo he tenido.
Yo he utilizado el programa para editar capturas de televisión en formato mpeg2, archivos avi capturado en cintas mini dV, etc, y no he tenido problemas, y te aseguro que he metido la tijera hasta en fragmentos pequeños, cortes de menos de segundo. A la hora de guardar el archivo tú decides la calidad del mismo y el formato que quieres.
Pero igual entiendo mal tu pregunta.
SAludos