No debería haber diferencia si son cables de la misma calidad. La diferencia entre uno y otro es que el RCA esta pensado para una instalación permanente, mientras que el minijack esta pensado para conectar y desconectar continuamente.
Imagino que el que traiga MiniJack esta mas orientado como dispositivo movil y el que trae RCA como instalación fija.
Si el uso que le vas a dar va a ser de instalación permanente, te recomiendo el que trae RCA que que esa salida suele ser fija y no depende de ningún control de volumen y la impedancia de acople suele se mejor en esa salida