Tienes que conectarlo al que ponga LFE, que debería ser el rojo (derecho). No tienes 3 frontales, tienes 2 frontales L&R y un central.
El Subwoofer lo conectas al pre-out 1 de Subwoofer. Tienes que utilizar un cable RCA para conectar subwoofers, no el rojo y blanco, sino el que es de un solo conector.
La fase déjala en normal. Y la frecuencia de corte depende de los altavoces que tengas, si son normalitos tipo satélite pues pon la frecuencia de corte en 80Hz, y de debería de ir bien.
No te preocupes por la pregunta, porque es normal no saber qué hacer con este tipo de aparatos si nunca se han utilizado o se han utilizado muy poco.