La información acústica, en formato digital (parte informática que comentas) en algún momento llegará a un DAC, que lo convertirá al dominio analógico y suponiendo que no hay ninguna otra conversión a digital y analógico para realizar procesado de señal, llegará al sistema de preamplificación/amplificación y los altavoces.
Suponiendo un DAC conectador a un preamplificador/amplificador y éste conectado a unos altavoces, si alimentas el DAC con un pendrive por una entrada USB y por un reproductor de CD (que estarías usando como transporte digital) por una entrada digital del mismo DAC (coaxial u óptica), no deberías notar diferencia entre el fichero en el pendrive y su equivalente en CD.
NOTA: Cuando se dice conectar el USB al DAC, léase un proceso que reproduzca el contenido del USB. Solo reproducir, sin tocar nada más.