¿Tienes otro reproductor? ¿Has probado a ver qué pasa? Si lo conectas al televisor, ¿Hace lo mismo? Si rerpoduces con VLC o MPC ¿Hace lo mismo?
Puedes probar a actualizar los drivers de la gráfica. En realidad deberías empezar por ahí.
Creo recordar que Kodi tenía una opción de ajustar frames al empezar/parar la reproducción.