Buenas, desconozco el problema, pero a mi me funciona bien el Optoma uhz50 ( laser 4k) y por el hdmi 3 a un apple tv 4k de 3 gen ( he probado mkv desde el pc y a través de la app Infuse del apple tv ) y todo bien, arriba abajo, derecha izquierda etc ( inv sync ). Me extraña que fuera como comentas pero prueba una consola u otro aparato y fuerza full hd 120hz, 60 hz etc... a mi una vez no se activaba el 3d y lo cambié a la xbox a 1080p y 120 hz y luego ya me iba en el apple tv, estas cosas a veces son caprichosas y no están muy depuradas.
Además te recomiendo leer post sobre 3d, optoma etc algo se ha hablado y puede servirte