Yo no conectaría los 2 cables. Lo más normal es que uno anula al otro y no siempre es a mejor.
Con respecto al subwoofer no tienes que hacer nada distinto a lo que pones, es decir, lo conectas a la entrada del subwoofer y después a calibrar.
Y lo de la TV, lo de transferencia es en las opciones ARC. Si no tiene el AVR , pues no sé si da igual. Con la práctica verás cómo se comporta el AVR y la TV juntos.