Hola
Prueba la aplicación "mp3tag" (es gratuita) para editar los metadatos de los ficheros flac.
Crea una carpeta con los archivos flac (supongo que proceden de ripear un cd o son de streaming), copia el jpg de la caratula (le puedes poner de nombre "folder" o "cover") y con el mp3tag lo insertas en los metadatos del flac. Además de editar los detalles que quieras de cada flac.
saludos