Hola
Si el sub tiene algún tipo de filtro interior y gestiona los 2 tipos de entrada (High Level y Low Level) de manera independiente, quizá podrías tener ambas conexiones simultáneamente para escucha en estéreo/multicanal. Al tratarse de un conjunto 5.1 suelen ser muy básicos así que normalmente lo que hace el sub es trabajar como altavoz pasivo (lo amplifica tu Yamaha conectando la entrada High Level en paralelo con la salida de altavoces del ampli) o Activo (Lo amplifica la propia electrónica del sub, y el ampli solo le entrega señal a través de su salida de previo).
Para no complicarte la vida, cógete un cable RCA/RCA y conectas la salida del previo del ampli (pondrá Subwoofer o algo así) a la entrada R/mono del sub. Frecuencia de corte del sub a tope (mando a la derecha) y frecuencia de corte del ampli a 80 ó 100 Hz, dependiendo de la capacidad de reproducción de graves que tengan tus altavoces. Cuanto más pequeños, mayor frecuencia de corte. Si tienes interruptor de fase, lo normal son 0º si tienes el sub en la parte delantera de la zona de escucha y 180 si lo tienes en la parte trasera de la misma. De todas formas, haz pruebas con la fase y dónde más te guste (generalmente bajos más profundos) lo dejas.
Un saludo