Para Media Center, sin duda debes utilizar Windows Media Center, Media Portal o alguno por el estilo. Todos se manejan con mando a distancia y te puedes olvidar del raton para uso multimedia.
Lo más importante es una caja grande que pueda equipar ventiladores grandes. (Ventilador grande = menos revoluciones = mas silencioso). En el foro de compraventa venden una caja Silverstone que te puede ir muy bien.
En componentes: Una placa ATX con zocalo AMD que se calientan algo menos que los Pentium y un procesador que no tiene que ser muy potente.
La grafica, preferiblemente con disipador y evitas otro ventilador, que suelen ser pequeños y ruidosos.
El HDD silencioso, como Samsung o Seagate.
El resto a tu gusto y presupuesto.
No olvides qe un PC siempre será algo ruidoso y tarda un rato en arrancar. Yo vendí mi HTPC y estoy a punto de comprar un DVD con HDD y sintonizador TDT. Para mí, la mejor opción.