Hola jmmeuss,
las dos RCa del subwoofer debieran ser para cuando envías una señal de línea - preout, tape o similar - para que el subwoofer se encargue de filtrar y amplificar las frecuencias graves.
Teniendo una entrada LFE exclusiva, es la más adecuada para conectar el único cable que viene del Onkyo. Y por el otro lado usa uno de las dos RCA en el subwoofer y cubre la otra; probar el cable amarillo que comentas no es ninguna barbaridad. Comprar otro en el futuro es otra opción.
Que nunca te aparezca Dolby Digital no tiene nada que ver con la conexión del subwoofer. Una vez sale la señal hacia el, al Onkyo le tiene sin cuidado.
Comprueba la cofiguración de la fuente. Ponerla en modo PCM en vez de digital suele ser, creo haber leído por aquí, un error habitual.
Si el problema es de configuración del Onkyo, tienes el manual y un montón de foreros que tienen esa marca.
Éstos
https://www.forodvd.com/cgi-bin/YaBB...4073;start=0#0
https://www.forodvd.com/cgi-bin/YaBB...2222;start=0#0
y otros hilos hablan de modelos Onkyo que tal vez te puedan servir de algo.
Un saludo.