El área de una sala debe referirse a la totalidad de su superficie útil, con independencia del área de escucha. De hecho yo también mediría es el volumen de la sala en m3, pues esta medida recoge un parámetro importante como es la altura del techo y refleja en definitiva la masa de aire que van a mover las cajas. Otra cosa es la separación entre las cajas, entre éstas y el punto de escucha y entre éstas y la pared frontal y las laterales, parámetros todos importantes para optimizar la acústica.

Por último, con respecto a tu otra pregunta, lo ideal es que la colocación de las cajas sea simétrica con respecto a las paredes laterales para recrear adecuadamente la escena sonora. De lo contrario ésta puede quedarse descompensada por la sencilla razón de que el sonido reflejado procedente de un altavoz puede resultar mayor que el del otro.

Saludos