Hay alguna forma de...

Si te refieres a los archivos .avi, con el virtualdub, cualquiera de los mods, el original o el spanish dub te servirá.

¿Los mensajes vienen al comienzo o al final, o vienen intercalados? Si es así con ese programita.

Si viene el mensaje sobre la imagen pues hay un programa que te sirve para difuminar la "mosca" que es como llaman a los logos de las cadenas pero que para el caso también serviría. Pero no recuerdo cómo se llama el programa ni cómo se hace.

Si es un .mpg o .mpeg con el virtual dub ya tendrías que recomprimirlo a .avi y perderías calidad por lo que no es aconsejable.

Gracias por tu respuesta! Es un mensaje que siempre anuncia la misma página y aparece en medio de la pantalla con letras semitransparentes al rato de estar viendo el video, para que se quite hay que parar y volver a dar al play, lo cual es un coñazo increible...como se usa ese programa? No tengo ni idea de estas cosas, sorry!

Pregunta tonta pero necesaria. Has provado con otros reproductores. Con cuál reproduces el vídeo. Eso me suena bastante a los mensajes que suelen salir en las versiones de prueba. Supongo que no será eso pero para descartar.

Lo de que tienes que parar el vídeo para que desaparezca me deja descolocado. Si sigues reproduciendo ¿sigue el mensaje siempre o desaparece al rato?

Concreta lo más posible.

Sobre el programa ese que emborrona "las moscas" en tu caso el texto, si este aparece en medio de la página no te servirá, porque verás una mancha borrosa. Normalmente se utiliza para borrar el logo de T5 por ejemplo, eso es lo que se llama mosca. Y consigue camuflarlo adoptando el color de alrededor. Pero eso en una esquina y con un logo pequeño da buenos resultados, pero no con un texto en mitad de la pantalla como es tu caso.

Di reproductor, tipo de video y por qué tienes que pararlo y qué pasa si no lo paras. Y también si has probado con otros reproductores y/o otros archivos de video.