Bueno te comento, lo que yo se o puedo deducir.
Empiezo por el final. Por formatear el disco duro no se tiene porque perder las caracteristicas de reproduccion multimedia del disco duro, porque estas suelen ir en una pequeña particion del disco duro que no es directamente accesible por un usuario medio. Todos los discos duros tienen una porcion de disco duro no accesible, incluidos los de toda la vida que monta cualquier pc. Por eso en muchos casos se dice el disco duro es de tantos gigas o megas y una vez instalado, resulta que no el tamaño es algo menor, porque suele haber una particion oculta no accesible, donde se guarda informacion de firmware, y propia del disco duro. Asi que siempre que formatees tus particiones de datos, no tendrias por que perder la capacidad de multimedia del disco duro.
El que un disco duro multimedia pueda o no reproducir todos los archivos, dependera del firmware que lleva preinstalado. Puesto que no depende en si del disco duro sino del firmware (software y drivers) que incorpore el disco duro en cuestion. Pero en principio si el firmware es el adecuado, podria reproducir todo. Aunque dudo que algun firmware instalado en un disco duro sea capaz de reproducir formatos del tipo blue ray, etc. Mas que nada porque no creo que los fabricantes tengan acceso al formato de codificacion de esas tecnologias que son de ciertos fabricantes en cuestion, y cuya decodificacion quizas pudiera acarrear delito.
Los firmware se pueden actualizar, siempre que el fabricante del disco duro saque actualizacion al respecto.