Hola:
El amigo Sanco tiene tu mismo equipo. Nadie mejor que él para aconsejarte pues ha hecho muchas pruebas y tiene bastante experiencia con esas cajas.
Respecto a lo de cambiar la polaridad no sé decirte si será dañino a corto plazo para los altavoces o para el filtro.
Supongo que ya te dirán algo los compañeros, pero yo colocaría los cables como Dios manda y haría pruebas sobre distinta colocación de las cajas (orientarlas ligeramente hacia tu punto de escucha y separarlas lo que puedas de paredes laterales y posterior). Mantén las cajas separadas entre sí no más de 3m. (Entre 2.5 y 3m.)
Pon lo del sub. en off. (porque no hay, claro) y las cajas en large,para que reciban todo el espectro de frecuencias.