no lo he entendido muy bien
pero creo entender que el eje de las dos aguas es perpendicular al lado de 8 metros.
Según parece la mejor situación para las cajas sería en uno de los lados de 8 metros, y el oyente enfrente, en el otro lado de 8 metros. Si las pusieras en el lado de 5 metros, los reflejos de sonido en las "aguas" te podrían fastidiar algo, descontrolando graves normalmente.
No tengo experiencia directa en esto pero suelen ser las experiencias de foreros con salas similares (pecci,marcelo,...), y lo mismo ocurre en las bóvedas siendo mejor una orientación longitudinal que transversal.
De todas formas, que tus oidos decidan (y si puedes medir, mejor), y después nos lo cuentas para conocer una experiencia más
saludos
PD: voy a buscar lo de "paralelepípedo rectangular" y como sea un insulto te vas a enterar