Respecto al sonido,
Este LCD hace passthrough, es decir, si el sonido que va por el HDMI es 5.1, por la salida coaxial del LCD tendrás 5.1, y de ahí lo puedes llevar al ampli, con lo que tendrás imagen y sonido perfectamente sincronizados.
Hay gente que dice tener problemas con el passthrough con firmwares más nuevos, yo tengo el mismo LCD que tú con el mismo firmware y sin ningún problema
La opción de llevarlo al Onkyo con óptico, prueba a ver si se nota el desfase, pero la tele con el HDNM se supone que tiene un lag (retardo) de unos 200ms, así que puede que no quede bien aún poniendo el delay de 100ms en el equipo de sonido.
Respecto a la gráfica del PC,
Aunque sea una chorrada lo que te voy a decir, comprueba que la salida de vídeo está configurada a 1920x1080, porque puede que al conectar la TV la tarjeta de vídeo coja una configuración por defecto.
Si aún así no consigues que se vea a pantalla completa, es para mosquearse con estos de Philips. Yo conecto un portátil por VGA (cuya resolución máxima admitida por el LCD es 720p, lo cual me jode pero que se le va a hacer) y en ese caso puedo entender que por defecto no llene toda la pantalla y haya que hacer zoom, pero por HDMI si admite 1080p, con lo que debería verse a pantalla completa.
Estoy por llevarme a casa el dockstation del curro y comprar un cable DVI-HDMI para conectarlo al LCD para comprobar si se ve a pantalla completa o terminar por cabrarme