Hola, JackBou.
Para empezar, a mí ni se me ocurriría poner el sub encima de un mueble. Eso está muy bien para los subs pequeñitos de los sistemas de altavoces informáticos, pero si lo haces con un sub "de verdad"... en fin, a la primera escena o canción que pongas con unos graves potentes lo vas a flipar. Cualquier adorno o cualquier cosa que apoye sobre el mueble (por ejemplo, si guardas botellas, vajilla, o algo así en el mueble) sufrirá las vibraciones del sub y "cobrará vida" (por no mencionar el concierto de "campanillas" que se te puede montar con botellas, vasos, copas....), lo cual no es que ayude a centrarse en la película ni a disfrutar de un sonido fiel al original (ni a que tu novia ponga buena cara al oir campanillear "la vajilla de su mamá").
El sitio para poner un sub es el suelo. Lo suyo sería que si puedes lo pusieras a un lado u otro del mueble, más que nada por disimular los cables, pero la posición del sub en general no influye mucho en el resultado final (aunqeu es deseable que esté en la zona frontal si tu sistema tiene satélites pequeñitos). En cuanto a potenciar los graves lo mejor es ponerlo pegado a la pared, o mejor aún, es una esquina. Sin embargo, esto puede no ser lo que de el mejor resultado. Si tienes una sala de escucha no muy grande o un sub muy potente, lo que puedes conseguir es que toda la sala retumbe cosa mala, lo que aparte de desagradable ocultará el resto de la banda sonora. La solución: prueba y fallo.
La ubicación del central tampoco me convence mucho. Juntarlo con el AVR y el HTPC va a dar lugar a una ensalada de señales electromagnéticas que no creo que sea muy buena. Casi sería preferible que montaras una baldita robusta encima del tv para el central. Si lo apoyas sobre la balda con unos tacos de goma, mejor que mejor.
La posición de los traseros no me preocuparía demasiado. Si no encuentras unos pies adecuados, siempre puedes bucarte unos soportes de pared y colocarlos donde te plazca. Bueno, eso si detrás tienes una pared
Por último, me gustaría proponerte una opción que igual te viene bien. Cuando se habla de home cinema habitualmente pensamos en una configuación 5.1. Sin embargo, el sub no siempre es imprescindible. Dependiendo del tamaño de tu sala, con unos frontales grandecitos (de suelo, o de estanteria pero con cuerpo), puede no ser necesaria la inclusión del sub, al aportar éstos suficiente poderío en graves (aparte de que tener unos frontales buenos es muy de agradecer si quieres escuchar música). De hecho si la sala es pequeña es posible que el sub sólo la haga retumbar, como decía antes. Por ejemplo, yo tengo un amigo que raramente enciende el sub (o lo pone casi al mínimo), ya que las peculiares dimensiones de su sala hacen que los graves se acoplen cosa mala y lo único que se consigue es ruido. Y eso que su salón es grandecito, y hemos probado a ubicarlo en varias posiciones.
En fin, que igual irte a una solución 5.0 con unos frontales potentes puede ser una opción buena en tu caso. Incluso, en el extremo, podrías pensar en 2 frontales + 2 traseros, sin sub ni central, si el AVR admite esa configuración, aunque para eso los frontales no deberían estar muy alejados entre sí y del tv (de nuevo viable sólo en salas pequeñas). Aunque la opción de la balda me parece aceptable.
En fin, espero al menos haberte dado un par de ideas. Saludos.