Hombre, pues depende. Si la etapa no tiene ventiladores que direccionen el aire caliente, éste tenderá a subir. Por lo tanto, lo mejor sería poner el componente que más calor disipa arriba.
Una solución de compromiso para poner el previo encima puede ser poner previo y etapa en estantes distintos. Además, en el manual suelen dar unas distancias mínimas alrededor de la unidad que se deben cumplir si uno no quiere quedarse con sólo una estufa carísima.
Más o menos, mientras la etapa tenga encima unos 30 cm por donde pueda correr el aire, es posible que no haya problemas.