PPPfffffff.... miedo me da a mi cada vez que tengo que instalar alguna aplicación multimedia... más de una vez me ha pasado lo que comentas, y se me ha ido al garete mi configuración "optimizada" de audio y vídeo... Y sobre todo ha sido con el audio AC3 y DTS, por más que rehacía lo que siempre hago no era capaz de volver a conseguir ese sonido... Y claro, en un HTPC es una cagada... así que a tirar del (BENDITO) norton ghost para restaurar la instalación y, con más cuidado, volver a instalar las últimas aplicaciones teniendo cuidado de no quedarme sin DTS
Respecto a si el Vista tiene más innovaciones o no, no puedo ayudarte ya que me duró instalado apenas dos meses. El resultado fue TAN MALO, que enseguida me deshice de él... igual bien "tuneado" me hubiera ido mejor, pero perdí la paciencia y me pasé al XP, con el que estoy más que contento.
Sobre los codecs decirte que para mi es un "mundo por explorar", hay tantos packs, tantas versiones, tantas opciones que me pierdo más que un io puta en el día del padre :p Así que uso el zoomplayer, pagado, y me instalo los codecs desde su "download control ceter" (o como se llame) para tener los codecs que necesito bajados directamete desde su Web... así no hay spam, ni malware ni mierdas que te desajusten/jodan el PC. La verdad es que estoy muy contento con ese reproductor que llevo usando ya más de un año.